Botanični vrt v Ljubljani na današnjem mestu deluje že vse od leta  1810. V času Ilirskih provinc, je bil ustanovljen kot Vrt domovinske flore v okviru visoke šole (École Centrale). Zasnoval ga je Franc Hladnik (1773-1844), ki je bil  njegov prvi ravnatelj, hkrati je bil predavatelj za naravoslovje in botaniko na že omenjeni šoli. Prvotno je vrt meril 33 arov (919 klafter), imel je  letno dotacijo 1000 frankov in sistemizirano mesto vrtnarja s 500 franki letne plače. Hladnik se je dela  lotil zelo zavzeto. Najprej je zasadil rastline, ki jih je že prej gojil na licejskem vrtu. V inventarnem spisku za leto 1812  navaja že 768 domačih vrst, ki rastejo v vrtu.
Hladniku in njegovemu poznanstvu z avstrijskimi botaniki gre  zahvala, da se je po obnovi avstrijske oblasti vrt ohranil. Po letu 1822 so ga  povečali za približno 16 arov in ga ogradili. Hladnik je v vrtu deloval do leta 1834, ko je vodstvo prevzel J. N. Biatzovsky. V tem času so vrt zopet povečali. Od leta 1850 do 1867 je vrt vodil Hladnikov učenec Andrej Fleischmann (1804-1867). Leta 1843 je izšlo njegovo delo "Übersicht der Flora Krains" (Pregled kranjske flore).
v letu 1889 je Alfonz Paulin (1853–1942), ki je vodstvo vrta prevzel le tri leta prej, začel izdajati seznam semen (Index seminum).  Na osnovi tega seznama je navezal stike z 78 vrtovi po Evropi.  V letih 1901 do 1936 je izhajala njegova znamenita herbarijska zbirka  kranjske flore - Flora exsiccata Carniolica.
Z ustanovitvijo Ljubljanske univerze (1919) je vrt že leta  1920  prišel pod  njeno okrilje, kjer deluje še v današnjem času v okviru Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete.
Po drugi vojni, leta 1946, je vrt v času vodstva Jožeta Lazarja, doživel povečanje na 2,35 ha in dobil  je prvi rastlinjak. Njegovo delo je nadaljeval Vinko Strgar (1967 –1992). Zaradi širitve ceste se je površina vrta pozneje zmanjšala na 2 ha. Prišlo je do odločitev o ureditvi novega vrta v okviru Biološkega središča pod Rožnikom, nasproti živalskega vrta, ki žal še vedno ni uresničena.
Leta 1991 je bil obstoječi vrt zavarovan kot spomenik oblikovane narave na lokalni ravni, leta 2008 pa je dobil status spomenika državnega pomena.  Velja za najstarejši botanični vrt v jugovzhodnem delu Evrope. V evropskem merilu   spada med srednje stare vrtove. Glede na to, da že 200 let deluje na istem mestu, ga to uvršča med pomembnejše stare evropske vrtove. Mnoge starejše je kar nekajkrat v njihovi zgodovini doletela selitev.

(Vir: spletna stran Botaničnega vrta v Ljubljani, http://www.botanicni-vrt.si/)